RNA親和純化測序（RAP-seq）

技術簡介

蛋白質和RNA是具有緊密關系的生物分子，能夠通過物理相互作用參與完成細胞的周期并調控細胞的生物學過程。如果干擾了它們的正常相互作用，將會導致細胞功能障礙和疾病發(fā)生。因此，研究RNA與蛋白質的相互作用對于理解細胞內分子機制和相關疾病的發(fā)病機理具有重要意義。

以蛋白質為中心鑒定與蛋白質結合的RNA，傳統(tǒng)的方法是使用特異性抗體進行免疫共沉淀，鑒定出與蛋白質結合的RNA，比如RNA immunoprecipitations（RIP）、Cross-linking and immunoprecipitation（CLIP）。然而，這些傳統(tǒng)技術的應用受限于高質量的抗體，但是有些蛋白無法獲得高質量的特異性抗體。如果使用標簽抗體就需要對驗材料進行遺傳轉化獲得穩(wěn)定的轉化材料，并且無法同時對多個RNA結合蛋白（RNA Binding Protein，RBP）結合的RNA進行高通量篩選和鑒定，這就限制了RIP和CLIP更廣泛的應用。

藍景科信推出一種全新的鑒定與蛋白結合的RNA技術平臺：RNA親和純化測序技術（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq）。該技術是通過體外蛋白表達技術，表達出帶有標簽的RNA結合蛋白，然后與RNA在體外進行孵育和結合，再分離出與目的RBP結合的RNA，進行建庫與高通量測序，通過生物信息學分析，可以鑒定出蛋白質結合的mRNA、lncRNA等與細胞命運緊密相關的重要RNA。

RNA親和純化測序（RAP-seq）作為一種新興的技術，不需要針對每個蛋白制備特異性抗體，也無需制備遺傳轉化材料，突破了物種的限制，為我們提供了一種有力的手段來探究基因與RNA之間的相互作用，以及這些相互作用如何影響基因的表達和生物學功能。高效助力RNA結合蛋白（RBP）調控機制研究。

服務流程

項目文章（一）

文章標題：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na+, and ROS Homeostasis

期刊：International Journal of Molecular Sciences

影響因子：4.9

研究使用RNA親和純化測序（RAP-seq）技術鑒定及揭示了胡楊富含Gly的RNA結合蛋白PeGRP2與靶向mRNAs相互作用通過影響光合作用、Na+和ROS穩(wěn)態(tài)負調控灰楊耐鹽性的機制。

項目文章（二）

文章標題：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus

期刊：New Phytologist

影響因子：8.3

通過RNA親和純化測序（RAP-seq）技術鑒定了與PtoRSZ21直接相互作用的mRNA分子，進而揭示了這一基因如何通過調節(jié)氣孔大小來增強楊樹的抗旱能力。研究結果顯示，PtoRSZ21調控了一系列與氣孔發(fā)育相關的基因，從而影響了楊樹的水分利用效率和對干旱的耐受度。進一步闡明了PtoRSZ21在調控特定基因的可變剪接過程中的具體機制。