在細(xì)胞的生命活動中，RNA結(jié)合蛋白（RBP）與RNA的互作如同精密的“分子開關(guān)"，調(diào)控著mRNA的穩(wěn)定性、翻譯效率及亞細(xì)胞定位等關(guān)鍵過程。無論是植物應(yīng)對鹽堿干旱的逆境適應(yīng)，還是人類疾病中的基因表達(dá)異常，這些生命現(xiàn)象的調(diào)控機(jī)制均與RBP與RNA的動態(tài)互作密切相關(guān)。然而，傳統(tǒng)技術(shù)如RIP-seq、CLIP-seq受限于抗體質(zhì)量和通量瓶頸，難以高效解析這類互作網(wǎng)絡(luò)。
藍(lán)景科信RAP-seq技術(shù)：突破傳統(tǒng)的互作研究方案
RNA親和純化測序（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq） 是藍(lán)景科信自主研發(fā)的創(chuàng)新技術(shù)，通過體外重組蛋白表達(dá)-RNA親和捕獲-高通量測序的全流程設(shè)計，實(shí)現(xiàn)了RBP結(jié)合RNA的高效鑒定。
技術(shù)流程：
1. 重組蛋白制備：體外表達(dá)帶標(biāo)簽（如HaloTag）的目標(biāo)RBP；
2. RNA親和純化：重組蛋白與總RNA孵育，特異性捕獲互作RNA；
3. 高通量測序和分析：分離結(jié)合RNA，構(gòu)建文庫并測序，解析互作轉(zhuǎn)錄本。
RAP-seq vs 傳統(tǒng)技術(shù)：三大優(yōu)勢
RAP-seq的多維應(yīng)用場景
l 植物逆境應(yīng)答：解析RBP在干旱、鹽堿、高溫等脅迫下的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；
l 發(fā)育生物學(xué)：追蹤胚胎發(fā)育、器官分化中的RNA-蛋白互作動態(tài)；
l 疾病機(jī)制研究：篩選癌癥、神經(jīng)退行性疾病中異常表達(dá)的RBP及其靶RNA；
l 作物育種：鑒定調(diào)控產(chǎn)量、品質(zhì)的關(guān)鍵RBP，輔助分子育種。
應(yīng)用案例：RAP-seq在植物逆境研究中的應(yīng)用
案例一：胡楊耐鹽機(jī)制的分子解碼
文章標(biāo)題：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na+, and ROS Homeostasis
期刊：International journal of molecular sciences
技術(shù)應(yīng)用：利用RAP-seq鑒定胡楊GRP2蛋白結(jié)合的mRNA，發(fā)現(xiàn)其通過靶向光合作用相關(guān)基因（如PETC、RBCMT）和抗氧化酶基因（SOD[Mn]、CDSP32），抑制耐鹽相關(guān)通路，揭示GRP2作為負(fù)調(diào)控因子的分子機(jī)制。
案例二：楊樹耐旱基因的互作網(wǎng)絡(luò)解析
文章標(biāo)題：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus
期刊：New Phytologist
技術(shù)應(yīng)用：RAP-seq揭示PtoRSZ21蛋白直接結(jié)合自噬相關(guān)基因PtoATG2的mRNA，通過可變剪接調(diào)控氣孔發(fā)育，證明該蛋白通過重塑RNA互作網(wǎng)絡(luò)增強(qiáng)耐旱性。
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